Markane-løparen var 9,9 sekund føre lagkameraten Vetle Sjåstad Christiansen, som fekk eitt tilleggsminutt, i mål. Jakov Fak, Slovenia, tok tredjeplassen, medan Sturla Holm Lægreid kom på fjerdeplass.
Thingnes Bø fekk eitt tilleggsminutt på første skyting og låg med det heilt nede på 42. plass. Andre skyting gav fullt hus, og plutseleg låg 29-åringen på sjuandeplass. Trass ein ny bom på første ståande skyting klatra han til tredjeplass, og med feilfritt opphald på standplass på siste skyting sikra Thingnes Bø sigeren.
– Eg synest eigentleg eg gjorde eit bra løp. Eg skjønte at eg ikkje kom til å miste for mange verdenscuppoeng. 18 treff, eg tek den, sa Thingnes Bø til TV 2 etter målgang.
Tarjei Bø pådrog seg berre eitt tilleggsminutt. Etter tre feilfrie skytingar kom bommen på siste ståande. Han vart til slutt nummer 10, 1.46 bak bror Johannes.
Rennet vart elles prega av eitt par straumbrot på stadion.
På første ståande fekk Tarjei merke straumbrotet på stadion. Han sa imidlertid til NRK Radio at han såg blinkane.
– Eg hadde flaks angåande startnummer og straumbrot, sa Thingnes Bø.
Verdscupen held fram i Ruhpolding fredag. Då står stafett på programmet for herrane. Søndag er det fellesstart.
Torsdag debuterer Maren Hjelmeset Kirkeeide i verdscupen for kvinner. Då skal det gåast 15 km normaldistanse.